1954年9月23日，郡王旗人民检察署正式成立，同年12月2日，改名为郡王旗人民检察院。1955年8月札萨克旗人民检察院正式成立。1958年郡王旗与札萨克旗合并为伊金霍洛旗，两旗检察院随之合并为伊金霍洛旗人民检察院。1958年初，“公检法”合并为政治公安部。1966年“文化大革命”开始后，检察工作处于停滞状态，1968年机构被撤销。1978年6月27日，伊金霍洛旗人民检察院重新建立。重建后经过四次搬迁，于2017年8月24日正式迁入现址。

伊金霍洛旗人民检察院现有内设机构5个，下设司法警察大队，另有基层检察室2个。共有在岗干警80人，其中政法专项编人员37人(含员额检察官17人，检察官助理14人，司法行政人员4人，司法警察2人)，聘用制书记员2人，地方财政供养人员41人。干警中，中共党员52人，少数民族22人，35周岁以下干警42人。

近年来，伊金霍洛旗人民检察院深入学习贯彻习近平新时代中国特色社会主义思想，认真落实旗委和上级院各项决策部署以司法办案为中心，强化法律监督、强化自身监督、强化检察队伍建设、强化基层基础建设，连续多年进入“全市先进检察院”行列，先后被评为全国检察机关检察委员会规范化建设示范单位”“全国百家门户网站”“全区检察机关基层院建设进步奖”“自治区档案管理一级单位”“全市民族团结进步创建示范单位”等荣誉，为促进全旗经济社会持续健康发展做出了积极贡献。